У гусениц нередки также болезни, вызванные бактериями, наиболее известна из них Bacillus thuringiensis Berliner. Гусеница заражается через пищу, а это иаюльзуется и для биологической борьбы с вредителями - растения обрызгиваются контаминированным раствором патогена. Для человека и других позвоночных этот микроб практически безвреден, особенно по сравнению с химическими препаратами, которые сегодня используются в огромных масштабах.
К большой группе инфекционных заболеваний, вызванных простейшими, относятся микроспоридиозы. Они поражают отдельные органы и организм в целом. Широко известна так называемая пебрина тутового шелкопряда, вызываемая видом Nosema bombycis Nageli. Этой болезнью занимался и Л. Пастер в своих работах. Подобные болезни дневных бабочек (капустницы, репницы и боярышницы) вызывает Nosema messnili Paillot. Виды рода Nosema являются причиной гибели многих гусениц чешуекрылых.